((/taspi/tree-score/circle-scoring.lisp::get-ordering-from-tree (nil nil nil (let) nil nil nil) (((tips (mytips tree))) nil nil (app) nil nil nil) ((tips) nil (list) nil nil nil nil) (nil nil (car) nil nil nil nil) ((tips) nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil)) (/taspi/tree-score/circle-scoring.lisp::get-pairings-from-ordering (nil nil nil nil (if) nil nil) ((acc) nil (consp) nil (if) nil nil) ((ordering acc) nil (consp) nil (recursive-call) nil nil) ((numberfied-seqs) nil (cdr cdr) (cons) nil nil nil) ((ordering ordering acc) nil nil (cons) nil nil nil) (nil nil (cdr cdr) nil nil nil nil) (nil nil nil (assoc-hqual assoc-hqual) nil nil nil)) (/taspi/tree-score/circle-scoring.lisp::get-circle-pairings-from-align (nil nil nil (let) nil nil nil) (((ordering (get-ordering-from-tree tree))) nil nil nil (get-pairings-from-ordering) nil nil) ((ordering numberfied-seqs nil) nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil)) (/taspi/tree-score/circle-scoring.lisp::circle-score-numberfied-seqs (nil nil nil (let) nil nil nil) (((pairings (get-circle-pairings-from-align tree numberfied-seqs))) nil nil nil nil (score-pairings) nil) ((pairings) (0) (quote) nil nil (list) nil) ((affine gap-char gap-cost gap-extend-cost) nil nil (numberfy) nil nil nil) ((transition-matrix) (0) nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil)) (/taspi/tree-score/circle-scoring.lisp::numberfy-seq (nil nil nil nil (if) nil nil) ((nil) nil (consp) (let) nil nil nil) ((seq (mapped (assoc-hqual (car seq) mapping))) nil nil nil (if) nil nil) (nil nil (consp) (cons prog2$) nil nil nil) ((mapped Error: ambiguous character in seq?) nil (cdr cw) (recursive-call) nil nil nil) ((mapped mapping Error: ambiguous character in seq??~%) nil (cdr) nil nil nil nil) ((seq) nil nil nil nil nil nil)) (/taspi/tree-score/circle-scoring.lisp::make-numberfied-seqs (nil nil nil nil (if) nil nil) ((ans) nil (consp) nil (recursive-call) nil nil) ((sequences mapping) nil (cdr) (cons) nil nil nil) ((sequences ans) nil nil (cons) nil nil nil) (nil nil (caar) (numberfy-seq) nil nil nil) ((sequences mapping) nil (cdar) nil nil nil nil) ((sequences) nil nil nil nil nil nil)) (/taspi/tree-score/circle-scoring.lisp::mapping-from-matrix (nil nil nil nil (if) nil nil) ((nil) nil (consp) (cons) nil nil nil) ((mat) nil nil (cons recursive-call) nil nil nil) ((n) nil (caar cdr 1+) nil nil nil nil) ((mat mat n) nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil)) (/taspi/tree-score/circle-scoring.lisp::circle-score-seqs (nil nil nil nil nil nil nil) ((tree gap-char gap-cost gap-extend-cost transition-matrix) nil nil nil (make-numberfied-seqs) nil nil) ((sequences nil) nil nil (mapping-from-matrix) nil nil nil) ((transition-matrix) (0) nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil) (nil nil nil nil nil nil nil)))